为了准备超算竞赛,我被分配在实验室的cluster上跑通RNA序列构建工具Trinity(SC15 SCC题目)。虽然cluster跑的是CentOS,但是可惜我没有root权限,所以在解决各种依赖时稍稍花了点功夫,所有依赖都必须从源码编译,而且要自行配置。

由于无法修改/usr/lib,所以我只好把要用到的库全部装在自己的用户目录下。在make install或configure时,加上–prefix=$HOME就可以做到。如此一来,我的用户目录下有了lib/,include/,bin/,man/,share/。第一个存放库的ELF文件,第二个存放头文件,后面三个和Linux根目录下这些目录的作用一样。

由于库没有安装在“标准”位置,所以gcc和ld一般来说会报错表示找不到文件。设置这些环境变量可以解决:$CPATH=$HOME/include,$LIBRARY_PATH=$HOME/lib,第一个相当于gcc -I选项,定义include时的搜索路径,第二个相当于ld -L,定义linking时的搜索路径。为了避免每次启动bash都要设定一次,可以把环境变量添加到.bashrc里,如果一个环境变量有多个值,用冒号分隔。如果乐意,当然也可以改Makefile,或者在用gcc时自己用-I,-L指明搜索路径,不过都不方便。对于有的库,可能还要多添加几个路径。

顺便提到ncurses这个库。它是UNIX curses库的开源版本。有的Makefile会写-lcurses其实是不对的,因为Linux里用的是ncurses,只是有些发行版为了兼容legacy code,所以创建了叫做libcurses的软链接,链接到libncurses。而另外发行版,或者像我从源码编译安装,就不会有这样的链接。此时,需要把Makefile里所有-lcurses改成-lncurses。另外,早期libncurses和libtinfo是分开来两个库,需要分别链接,现在libtinfo已经包含在libncurses里了,但是有些Makefile依然会-ltinfo,这时,如果已经-lncurses,那直接把前者删掉就行,不然就改成-lncurses。

和pip install、gem install、yum install之类相比,从源码编译安装C库就像黑魔法。前者无比方便,也是我实际使用中的首选,但是后者才是开源的本质。即使只是自己改个小bug,这种自由也是其他任何方式无法提供的。改好Makefile,敲make回车的时候,多少还是能感受到现在仅存在于各大mailing list的hack精神。